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以寶可夢大師為目標繼續旅行的主角小智和搭檔皮卡丘來到了新的冒險舞台“神奧地區”。隨後，他們與目標成為頂級協調訓練家的小光和她的波加曼邂逅，一同踏上旅程。各種各樣的邂逅，了解同伴的重要，在戰鬥中洋溢熾熱的友情，不斷成長。
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