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水都奧多馬雷，相傳在這裡有兩隻傳說神奇寶貝—拉帝歐斯與拉帝亞斯，秘密地看守著守護這座城市的寶石：心之水滴。小智一行人正好造訪這裡，這時聞名世界的怪盜姊妹出現了，她們為了奪取心之水滴，利用探測器找出了變成人型的拉帝亞斯，想藉此查出心之水滴的下落，正好被小智撞見。怪盜姊妹想利用心之水滴的力量掌控整個水都奧多馬雷，小智該如何制止她們的計畫？
