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小智一行人在旅行途中突然遇到「幻之寶可夢」-波爾凱尼恩從天而降，其落下的衝撃讓小智與波爾凱尼恩被奇妙的裝置聯繫在一起，被波爾凱尼恩給牽著走的小智等人來到了有巨大齒輪的都市阿佐特王國。在那裡，貪婪而又邪惡的大臣賈維斯得到了珍貴的人造寶可夢瑪機雅娜，瑪機雅娜所擁有的“魂心”隱藏著極為強大的力量。賈維斯企圖利用它的力量成為整個國家的統治者。他們要如何共同對抗賈維斯拯救阿佐特王國？瑪機雅娜的最終命運將如何結局？一場精靈寶可夢史上最偉大的戰役即將展開！
