第1話”迪奧”
光熱斗的父親光祐一朗發現迪奧彗星正在接近地球,,於是和天文台的主任研究這顆彗星是否會對地球造成危險,就在這時突然有巨大的病毒出現在城市中,幸虧熱斗和炎山聯手出擊將巨大病毒隔離在異次元空間,但是洛克人卻沒有回到PET裏面,熱斗急著四處尋找,原來他被佛魯迪抓走了,佛魯迪要的是洛克人的究極程式。
第2話” 毀滅地球”
布魯斯好不容易把洛克人救出來,但是因為面臨迪奧的審判,於是熱斗和炎山下定決心要藉由外掛程式的方式把他們傳送到迪奧彗星上,但是半路殺出程咬金-佛魯迪,於是演變成佛魯迪和迪奧使者斯拉的對戰,最後佛魯迪不敵被打入裏電腦世界去,而迪奧交給熱斗迪奧的徽章,想看看雙向融合能為人類帶來什麼樣的未來。
第3話”行星生命體的威脅”
熱斗興沖沖的來到炎山的公司，原來是炎山要把最新一代的PETⅢ送給熱斗，而且還要邀請熱斗參加野生動物牧場的廣告演出，但是在拍攝的時候，卻發現馴獸師犬飼是個喜歡用暴力使動物屈服的人，而這也給了迪奧的使者斯拉有機可乘，他將行星生命體野獸人交給了馴獸師犬飼，造成一場動物的大暴動。
第4話” 蔬菜沙拉紀念日！？”
學校的營養午餐的蔬菜突然全部不見了，傷心的熱斗馬上開始調查，結果發現是學校一名討厭吃蔬菜的學生豆男要行星生命體植物人讓所有的蔬菜都消失，結果事情越演越烈，甚至造成全國的糧食都不夠了，所以豆男要求植物人不要再這樣做了，卻反而被植物人抓起來，幸虧洛克人和布魯斯即時趕到，打倒了植物人，而且也改掉了豆男討厭吃蔬菜的壞習慣。
第5話”在天空飛的花花公子！？”
最近國內連續發生美術品失竊的案子，熱斗強烈懷疑是一位最近才出現的花花公子做的，結果竟然是看起來很親切的電視台製作人砂山登犯下的案子。原來砂山自從得到行星生命體的力量之後，就開始四處行竊，還是針對威利的收藏品下手，雖然最後熱斗和炎山阻止了他的計畫，可惜的是被他逃走了，而且他的背後似乎有人指使…。
第6話”石頭恐慌”
熱斗認識一個老是冒冒失失的叫做小唯的粉領族大姐姐，有一天她突然從斯拉手上得到行星生命體石頭人，但是她一直以為是一場夢，直到石頭人的力量發揮，把周遭的一切都變成石頭，才發現事態嚴重，幸虧熱斗剛好在現場，即時和洛克人進行雙向融合，最後以智取的方式打倒了頑強的石頭人。
第7話”領航員賽車”
世界性的領航員賽車要在日本舉辦了，IPC公司也組成了IPC車隊參加了比賽，負責開車的領航員是洛克人和布魯斯。但是行星生命體閃光人也混進了這場比賽，並且用卑鄙的手段讓其他車輛一一退出了比賽，幸虧布魯斯和洛克人發現的早，阻止了他的陰謀，但是這場比賽也只好中斷了。
第8話”卡尼爾參見”
熱斗的父親祐一朗收到天文台武井主任的通訊，表示在亞美羅巴有一個在迪奧毀滅地球的同一天造成的隕石坑洞。所以熱斗和炎山也跟祐一朗等人一起到了亞美羅巴去調查那個不可思議的坑洞。沒想到駐紮在當地的調查團營區裏竟然一個人影也沒有，而且還出現了奇妙的殘留影像的現象，原來一切都是那個隕石坑洞造成的。
第9話”復活，新WWW”
之前的網路犯罪者WWW的領袖，高斯瑪格尼斯的女兒特斯拉瑪格尼斯，竟然在電視上宣布新WWW的成立，並且還說要去看守所拿出重要的東西。眾人都認為她是要救出自己的父親高斯，於是佈下天羅地網看守高斯，沒想到特斯拉其實是要救出磁鐵人，得到高斯銀行存款的帳號密碼，因此被她擺了一道。
第10話”粉紅色狂想曲”
熱愛粉紅色的影像作家維納斯秀，突然得到行星生命體影像人，他用影像人的力量讓整個電算塔的街道都變成粉紅色，熱斗和查理急忙出面阻止他，但是影像人的威力實在太強了，洛克人和螺旋槳人雙雙陷入了苦戰，在無法進行雙向融合的情況下，洛克人與螺旋槳人產生靈體共鳴，合力打倒了影像人，化解這次的危機。
第11話”水泥叢林”
熱斗最近沉迷於收集巧克力的附贈食玩，但是在這個時候新WWW又進行了新的破壞行動，就是將車輛變成鋼鐵動物，就在眾人束手無策的時候，熱斗想到利用食玩學習到的天敵相剋的特性，成功的擺脫鋼鐵動物的阻礙，與洛克人會合，加上卡尼爾的幫助，再次打倒了野獸人。
第12話”夏威夷咖哩和戰斧”
熱斗特地到夏威夷島去吃曼哈二號的咖哩飯，卻在那裡和一個叫丁戈的男孩為了比誰的食量大而僵持不下，但是隔天卻發現夏威夷島的咖哩都被偷走了，就連做咖哩的材料也是，原來是維納斯秀要用一大堆的咖哩，淋在夏威夷島上，做成藝術品。多虧有戰斧人和氣力人的幫助，順利打倒影像人並且搶回咖哩。
第13話” 茉莉花”
熱斗巧遇一名來自瓊那的女生-茉莉花，在知道她要尋找藥草之後，決定幫她一起尋找藍色蒲公英。但是藍色蒲公英現在已經是一種夢幻植物了，而且茉莉花還被製藥公司的社長抓走，要逼問出茉莉花爺爺的神奇秘藥的藥方，最後熱斗和洛克人好不容易救出了茉莉花，而且製藥公司的社長也被逮捕，還意外在製藥公司的溫室裏發現藍色蒲公英。
第14話”泡泡GoGoGo”
泡泡人為了尋找陰影人之前告訴過他在電腦世界深處的神秘寶物，而找冰凍人和水人陪他一起去。因為冰凍人和水人不告而別，於是熱斗和美露派洛克人和蘿露去尋找他們，中途遇到磁鐵人阻礙，但是還是順利找到寶物，結果寶物只是普通的程式缺陷碎片結晶，但是對他們三個人來說是一次很棒的冒險經驗
第15話”冰的發明…感到驕傲”
在全球都發生了領航員大量失蹤的案件，炎山也在亞美羅巴調查這件事情，熱斗和洛克人在日本調查同一件案件的時候，發現到或許這是利用壓縮檔將領航員大量擄走的手法來犯案的。而炎山利用誘餌吸引犯人出面，順利的解決了這件轟動世界的智慧型犯罪。
第16話” 恐怖的重力減肥”
真邊最近體重不斷的增加，已經到了難以想像的地步了，原來背後有馬克與哈利這對兄弟檔，藉由重力人在操縱真邊的體重。這時候剛好科學省委託熱斗去對新完成的潛水艇進行掃毒，卻在進行前就發生突發狀況，潛水艇一下沉一下飛上天，最後在洛克人的調查之下才知道都是重力人搞的鬼，因此也解決了真邊的煩惱。
第17話” 黑暗晶片重現”
街上突然發生多起領航員失控的案件，在熱斗他們調查之後發現是因為黑暗晶片中毒造成的影響，於是為了找出散佈黑暗晶片的製造工廠，熱斗隻身潛入可疑工廠，最後因為PET被打掉而陷入危機，幸虧雷火和偵察人即時出現，而且他們還進行了雙向融合，打敗了實體化的行星生命體，拯救了被控制的工廠。
第18話”劍與武士”
雷火的朋友-伊利亞，從夏洛國來日本參加西洋劍大賽，但是自從他來了之後，各博物館的珍貴刀劍都遭人搶走了，於是熱斗和雷火在調查之後發現犯人果然就是伊利亞，兩人便進行雙向融合和伊利亞的領航員-武士人一決雌雄，但是武士人利用收集來的武器提升了力量，讓兩人陷入苦戰，最後伊利亞發覺自己做錯了，才讓兩人有機會聯手打倒武士人。
第19話”帶來幸福的爆炸”
網路警察在追捕犯下連續爆炸案的嫌犯，在追捕之中，使用者和領航員失散了，而通緝中的行星生命體燒夷彈人逃進了煙火師傅的PET裏面，兩人很快成了好朋友，但是犯下爆炸案的使用者還是繼續犯案，並且把腦筋動到煙火大會上，於是燒夷彈人最後選擇了友情，改過向善，阻止了這一場爆炸行動。
第20話”暴風雨中的假期”
在南方一座叫種下島的島嶼上有搭載著人造衛星的火箭即將升空，熱斗和父親一起到現場去協助以及戒備。但是新WWW沒有放過這次的機會，想好了周詳的計劃之後發動了襲擊，而查理也在不知情的情況下協助了特斯拉，因而感到後悔不已，於是協助熱斗等人擊退新WWW，將功贖罪。
第21話”威利博士的女兒”
一直以為已經殉職的岬悟郎刑警，在昏迷三個月後從醫院醒來，真邊等人收到聯絡後馬上趕到醫院去，而威利博士的女兒大園百合子，也現身在威利博士面前，另外卡尼爾也為了保護洛克人而身受重傷，就在這混亂的情況當中，行星生命體的炸彈人四處犯案，幸虧有百合子的幫忙才順利化解危機。
第22話”迪卡歐，咖哩般的變身”
迪卡歐突然和曼哈一起回到日本開了一間咖哩專賣店，大家都以為迪卡歐已經放棄網路對戰了，只想當一名咖哩廚師，這讓奇小歐非常失望。就在這時候發生了瓦斯工廠的瓦斯大量減少的事件，原來是新WWW要利用瓦斯合成人工鑽石來增加組織資金，而迪卡歐他們就是為了阻止新WWW才特地回到日本來的，奇小歐知道以後又比以前更敬佩哥哥迪卡歐了。
第23話”你好，網路仙人”
顏色和熊貓相反的貓熊突然得了白子病，全身的毛色都變白色了，而且可能會危及性命，熱斗為了拯救貓熊，自告奮勇要到瓊那去拿治療白子病的特效藥回來，原來發明特效藥的人就是茉莉花，但是熱斗和迪卡歐一到那裏就遇到想要偷走茉莉花爺爺秘藥藥方的壞人，於是氣力人和洛克人以及美蒂就聯手將壞人打跑，並且順利的拿回特效藥。
第24話”維納斯脫隊”
維納斯秀參加伊朵的卡布岡公司舉辦的換裝晶片設計比賽，結果得了冠軍，讓他得意忘形的辭去了新WWW的工作，高興的去參加頒獎典禮，結果因為比賽只限定小學生參加，因此被取消冠軍資格，讓他一氣之下開始破壞卡布岡公司的主電腦，幸虧熱斗和美露都在公司，他們和伊朵的領航員聯手打倒了影像人，化解了這次的危機。
第25話”驚悚的生日禮物”
新WWW的會長特斯拉瑪格尼斯的生日快到了，而熱斗接連好幾天都被新WWW的破壞行動搞得睡眠不足，而且每次熱斗一到現場行星生命體就撤退，讓眾人大感不解。原來他們是為了讓異次元空間能夠展開，讓特斯拉進行雙向融合的測試。最後，雙向融合的特斯拉和其他四名行星生命體聯手對付洛克人，幸虧有百合子出面協助。
第26話”冰原中的行星生命體城堡”
夏洛國和奶油島第一次攜手合作的計畫，就是打造了一座雙向融合研究所，奶油島的公主布萊德到這座研究所來參觀，負責接待的是夏洛國的雷火。這時候研究所卻遭到行星生命體的襲擊，原來是反對兩國建交的退休將軍-哥德，在背後發起的計畫，甚至還組成一支行星生命體軍團，幸虧布萊德和雷火阻止了他的行動。
第27話”露德小姐千鈞一髮”
熱斗和奇小歐一起到汽車博物館去參觀，在那裏認識了之前是自動行車系統的領航員，現在是博物館導覽小姐的露德小姐。而就在當晚，偷車賊的行星生命體車燈人入侵了自動行車系統，並且用這個系統操控了所有車子，讓它們全部開向偷車賊貨船在等待的港口，幸虧露德小姐即時通報給洛克人知道，才破獲了這個偷車集團。
第28話”粉紅拳美露”
因為行星生命體作亂的情況越來越嚴重，讓熱斗疲於奔命，迪卡歐看到熱斗這樣，決定要求祐一朗和名人先生讓他能進行雙向融合，最後決定借助拉修變成的拉修同步晶片來進行雙向融合，但是他和氣力人的同步率太低所以失敗了。最後為了幫助熱斗，美露只好和蘿露進行雙向融合，卻很成功的又出現一名可以雙向融合的女戰士了。
第29話”偷竊金庫的男子”
炎山和布魯斯在追查非法連線的犯人，但是犯人用一種奇妙的手法，使得布魯斯花了不少時間才找到犯人的所在地，而且這種手法是二十年前的老方法，炎山為了知道這個方法以便快速找出犯人的所在地，就去監獄拜訪二十年前用這手法犯案的犯人，在他的協助之下，終於找到企圖奪得魔法開鎖程式來進行偷竊的拉德，還打倒了他的行星生命體鑽頭人。
第30話”特斯拉，複雜的少女心”
特斯拉突然發狂似的仇恨網路警察，原來是網路警察的建檔資料上，把特斯拉的年齡寫成三十歲，才只是二十九歲的她決定報復網路警察，於是偷偷混入機器人格鬥賽裏面的網路警察機器人，好讓網路警察蒙羞，結果因為燃次郎一句歐巴桑讓她忘了自己的目的拼命追趕燃次和熱斗，最後因為機體過熱而失控，多虧燃次與燒夷彈人奮不顧身相助，化解了一場災難。
第31話”陰影人反擊”
熱斗的父親祐一朗到亞美羅巴的時空隧道觀測大樓視察，沒想到應該被刪除的陰影人竟然從時空隧道被吸引到現代來了，雖然熱斗和炎山合力擊退了陰影人，但是為了調查這一切奇怪的事件，祐一朗決定將洛克人和布魯斯傳送到過去的電腦世界，沒想到陰影人竟然在傳送的時候出現，搶先一步回到二十年前的電腦世界了，結果改變了歷史，現代因而變成受到黑暗機器生命體統治的世界了。
第32話”時空戰爭”
洛克人為了讓被改變的歷史恢復，追著陰影人跳進了時空隧道，當他來到二十年前的電腦世界之後，遇見了卡尼爾和巴雷爾，在他們的協助之下順利的找到潛伏在電腦世界的陰影人，並且破壞了陰影人原本打算用來散布黑暗機器因子的火箭，不過洛克人也因此掉入了永遠的深淵，幸虧熱斗和祐一朗即時鎖定洛克人的位置，將他傳送回二十年後的世界。
第33話”戰斧的誓言”
丁戈突然在夜晚潛入博物館裏面要偷走圖騰像，原來那座圖騰像是丁戈村子裏代代相傳的守護神，但是自從被偷走之後一直流落在外，於是丁戈想把它帶回村子去，但是新WWW的成員卻想把用特殊木頭做成的圖騰像拿去當做製作煙燻肉的木頭屑，丁戈為了阻止他們的行動，不惜假裝協助他們，最後在熱斗和香卡的協助之下成功保護了圖騰大人。
第34話”向星星許願…”
瓊那的茉莉花在小豆寇爺爺的指示之下來到了日本，她一下飛機就到動物牧場看看得過白子病的貓熊現在的情況。這時候剛好動物園園長收到通知，園方收留了一隻受傷的海豚，茉莉花和熱斗細心照料海豚，赫然發現這是新WWW用來走私黑暗晶片的方法，於是憤怒的茉莉花就和熱斗、原WWW成員一起粉碎了新WWW的陰謀。
第35話”爭奪后座之戰！”
為了慶祝秋原會議中心落成，將在這裏舉辦世界上的名媛們愛用品展覽會，其中的主角就是黃金皇冠，而且要在展覽的最後一天選出皇冠小姐，美露、真邊、丹居為了得到環繞世界兩圈之旅的獎品，竟全都參加了，甚至連新WWW的特斯拉都為了偷走皇冠而冒名來參加，但是最後冠軍竟然從缺，因為得獎的是沒有在現場的大園瑪莉老師。
第36話”另一個洛克人”
洛克人告訴熱斗說自己做了一個惡夢，但是熱斗笑著說領航員是不可能作夢的，不過為了消除洛克人的疑慮，還是帶著洛克人到科學省去做檢查，但是在那邊遇到美露等人，通通帶著差點被刪除的領航員來這裏修復。沒想到美露他們的領航員醒來之後，異口同聲的說「攻擊他們的領航員就是洛克人」，熱斗雖然不相信，但是眾人指證歷歷，原來大家口中的那名洛克人其實是黑暗洛克人…
第37話”獻給前額的煙火”
卡布岡公司的千金-伊朵奪得了世界前額小姐的冠軍，所以要舉行一場盛大的慶祝派對，伊朵來到日本邀請一流的煙火師傅燃次，以及一流的咖哩廚師迪卡歐，到她的伊朵回憶巨蛋裏，協助這場派對的餘興節目以及料理，誰知道黑暗洛克人的部下烏雲人和暴風雪人，趁機將所有人關在巨蛋裏，還用暴風雪要將所有人給冰凍起來，眾人生命將危在旦夕…
第38話”愛情的流星算命”
茉莉花來到日本之後，整天和熱斗黏在一起，茉莉花的領航員美蒂也和洛克人感情很好，讓美露和蘿露很生氣，這時候聽說有個很厲害的愛情算命師，於是美露決定去拜託她想辦法，結果發現原來那位算命師是利用行星生命體-星星人的力量才會這麼厲害，然而星星人這次卻要讓隕石墜落地球，以便讓那位算命師的預言能成真，於是美露緊急進行了雙向融合…
第39話”無法進行雙向融合！”
難得的天文奇景日全蝕就要開始了，但是新WWW卻乘機破壞了日本的異次元空間發電機，讓熱斗無法進行雙向融合，接著派出巨大病毒摧毀城市，雖然想利用衛星使用亞美羅巴的異次元空間發電機，但是日蝕的陰影使人造衛星無法使用，這一切都在新WWW的意料之中，就在無計可施的情況下，前WWW的成員們再次集結…
第40話” 新WWW瓦解”
連接太空梭航空站的軌道電梯，宇宙樹終於完工，熱斗特地從爸爸祐一朗那裏得到許可，帶著美露上到軌道電梯的瞭望台，但是新WWW卻乘機佔領了太空站，並且取得軌道電梯和無人太空梭的控制權，藉此讓外太空的廢棄人造衛星全部朝向著地球落下，在這麼緊急的時候，因為航站內停電的關係，熱斗被鎖在廁所裏，世界正一步一步的邁向毀滅…
第41話 極機密指令C.F.
新WWW瓦解之後，取而代之的是黑暗洛克人率領的黑暗機器生命體的危害，而熱斗也在阻止黑暗機器生命體攻擊的時候，受到嚴重的傷害，使同步晶片故障了，熱斗為了修理同步晶片，來到了祐一朗和名人先生目前所在的夏洛國，他在那裏還見到了最近不約而同從工作崗位請假的丁戈，查理，燃次，還有茉莉花，原來大家是在這裏測試雙向融合，這時，夏洛國的巨大挖掘機器竟然失控了…
第42話 聚集在迪奧的彗星之下
眾人為了阻止被挖掘機破壞的夏洛國首都，決定第一次施展雙向融合，在得到祐一朗的同意之後，大夥一起坐著直升機來到夏洛國的首都，但是黑暗機器生命體又出現來阻礙，但是大夥一起使用雙向融合的威力實在驚人，一下子就把機器生命體打倒，成功阻止挖掘機，這時候迪奧終於現身了，而在背後操控黑暗洛克人的人物也浮出檯面…
第43話 殺手黑暗雅
身為擁有迪奧徽章的13人之一的黑暗雅，在猶豫要不要加入成為熱斗的夥伴，但是為了賭上一口氣，還是決定暗殺熱斗，沒想到暗殺行動履次受到阻礙，讓他開始認為或許熱斗是個被上天選中的人，就在這時候，和黑暗雅同一行的迪普卡巴賽竟然變成銀行搶匪，而且因為被丁戈和熱斗發現他的罪行，便讓行星生命體-劍人實體化，要收拾掉他們兩人的生命，這時候能幫助他們兩人的就只有黑暗雅了…
第44話 夏天！大海！集訓！
夏天到了，在光博士的規劃之下，所有雙向融合隊員都來到海邊進行集訓，但是名人先生卻認為這怎麼看都像是來海邊玩，而熱斗從光博士口中聽說海邊有一間鬼屋，便建議大伙來進行試膽大會，沒想到眾人在裏面遇到很多不可思議的事情，原來這一切都是光博士故意設計的，究竟他的目的為何呢？
第45話 星星的記憶
光博士收到消息，在巴斯可諾瑪的遺跡發現了上面刻著迪奧徽章的石版，於是趕緊要炎山過去調查，但是遺跡的洞口卻被異次元空間擋住了，所以便召集雙向融合隊伍的成員到現場去協助調查，結果在裏面發現了過去訊號，原來是製造出迪奧的外星人來到地球之後留下的給未來的訊息，就是絕對不要放棄希望…
第46話 被盯上的徽章
黑暗洛克人為了得到所有迪奧的徽章，派出手下到世界上偷取徽章的資料，而且利用高斯急著要救出女兒特斯拉的弱點，吩咐高斯將熱斗等擁有徽章的戰士騙到新WWW的根據地，最後雖然大夥成功救出了特斯拉，但是黑暗洛克人也因此而得到所有人的迪奧徽章資料了。
第47話 為什麼妳會在這裡
黑暗洛克人宣稱已經擁有了十二個迪奧的徽章，而最後的一個就在百合子的手上，黑暗洛克人用瑪莉老師的生命威脅百合子交出徽章，但是百合子一面要求熱斗派人保護瑪莉老師，一面自己向黑暗洛克人挑戰，但是這時候利卡爾出現了，應該已經死去的利卡爾從百合子身上奪走了最後一個迪奧的徽章，他到底有什麼目的呢？
第48話 邁向滅亡的倒數
行星生命體開始大量出現，並且在世界各地造成嚴重的破壞，而斯拉說這是人類自己選擇了毀滅的未來。即使雙向融合的成員們努力奮戰，還是無法完全刪除不斷增加的行星生命體，於是在卡尼爾的提議之下，洛克人和布魯斯以及偵察人一起前去要打倒散播行星生命體的元凶-斯拉，但是面對地球外領航員-斯拉的超強力量，眾人根本是束手無策…
第49話 沒有羈絆者的戰鬥
在黑暗洛克人收集了所有的迪奧的徽章之後，利卡爾便開始執行他竊取迪奧的彗星上面超先進科技的計畫了，雖然洛克人和布魯斯以及雷火隨後追上去，再加上卡尼爾的協助，卻還是讓黑暗洛克人成功的闖入了迪奧的彗星的控制系統裡，這時候黑暗洛克人釋放出十三枚徽章，原來迪奧的徽章就是控制迪奧的彗星的鑰匙。
第50話 巴雷爾上校
熱斗等人要闖入迪奧的彗星，則需要十三個人的徽章全都到齊，但是巴雷爾上校是活在過去的人，就在眾人苦惱的時候，巴雷爾上校從過去通知大家，他要靠著光譜系統裝置來到現代與眾人會合，但是這麼做的風險相當高，而且就在巴雷爾上校進行時空間傳送的時候，行星生命體大舉襲擊時空塔，熱斗等人只好進行雙向融合全力抗敵，確保巴雷爾上校能安全的傳送到現代。
第51話 通往全新的未來
時空塔因為佛魯迪和斯拉的戰鬥而遭到破壞，眾人正在苦惱無法前往迪奧的彗星時，利卡爾卻宣布自己已經掌控了迪奧的彗星，但是沒過多久，迪奧便親自現身，利卡爾也自取滅亡了，但是危機還沒有解除，迪奧認為地球的網路科技還是會給全宇宙帶來危機，因此消滅了地球，現在只剩下雙向融合之後的十三名戰士能拯救地球了。
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